El órgano neoclásico de Santo Tomás Apóstol Ixtlán, que en su día fue grandioso, junto con la espléndida iglesia barroca que lo alberga, se financiaron con fortunas mineras en la Sierra Norte. Lamentablemente, solo quedan la caja inferior del órgano, el secreto, los fuelles y piezas sueltas de tallado decorativo. Seguramente, el órgano fue precedido por un instrumento de estilo barroco que se integró al arte y la arquitectura de la iglesia. El IOHIO fijó la talla restante más grande al lado izquierdo del órgano para indicar la apariencia de la caja superior ricamente tallada. Desafortunadamente, no existe el marco en el que colgar las otras tallas. Las orillas de las caderas también se volvieron a colocar para rellenar la caja inferior.