El hermoso órgano neoclásico de Santa María Ejutla se distingue por el perfil de la caja inferior repetido en la fachada y la pintura y el dorado de la caja superior (¿siglo XX?). En algún momento, el órgano estaba al centro del coro. El teclado y los tiradores de registros se cambiaron a la parte posterior, como lo sugieren algunos detalles particulares de la construcción en el interior de la caja. Se perforó un agujero en forma de ojo en el tablero de reducción, lo que permitió al organista ver a través del órgano y coordinar la música con el sacerdote abajo en el altar.  Posteriormente, el órgano se trasladó de nuevo a un lado del coro y el teclado y los registros volvieron a su posición actual.