El órgano de Santiago Comaltepec se distingue por su excelente estado de conservación, la pintura estriada de la caja y los tallados inusualmente finos de la caja superior. Después de más de 200 años, sólo faltan seis tubos; el resto del órgano está intacto. Estilísticamente está en la cúspide de los períodos barroco y neoclásico. Una cruz en el remate es la única decoración religiosa. A finales del siglo XIX y principios del XX, la mecánica de registros original se modificó de una manera bastante extraña, combinando algunos registros y separando otros. Los tubos de fachada son de color claro y fuertes debido al alto porcentaje de estaño en la aleación. Los tubos de las lengüetas son más oscuros y maleables por un porcentaje más alto de plomo.