El órgano de San Baltazar Yatzachi el Alto es un excelente ejemplo de la organería de Oaxaca en el siglo XIX. La caja está decorada con tallas típicas del estilo neoclásico: dentículos en la cornisa, tallas caladas dentadas en las celosías y en el contorno de la caja superior y lambrequines en la caja inferior. La fecha de 1835 está inscrita en el lado derecho de la caja, lo que proporciona una base para órganos similares sin fecha. El teclado abarca 47 notas de la mano derecha, una característica inusual en la época. El órgano está casi completo, aunque desafortunadamente dañado por la carcoma. El techo de la iglesia está espléndidamente decorado con diseños geométricas policromadas.