Restauración: 1998-2000 por el organero Pascal Quoirin, con la asistencia del organero Ignacio Zapata; la caja fue restaurado por Agustín Espinosa. Los directores del proyecto fueron Gustavo Delgado and Ofelia Gómez de la Academia Mexicana de Música Antigua para Órgano (AMMAO); financiado por Fomento Cultural Banamex. 

El monumental órgano de Santa María de la Asunción Tlaxiaco se encuentra en un importante centro de evangelización dominica en la región de la Mixteca Alta. La caja del órgano resalta los elementos de diseño neoclásico más típicos de la organería de Oaxaca (no de Puebla): dentículos bajo las cornisas, lambrequines tallados en la caja inferior, cascadas de borlas a lo largo de los lados, celosías elaboradamente talladas (con un patrón de mariposas como en Tamazulapan 1840) y una discreta pintura de la caja. La caja originalmente no estaba pintada, luego fue pintada y dorada para combinar con los retablos neoclásicos blancos y dorados después de una remodelación del interior de la iglesia (finales del siglo XIX/principios del XX). El resplandor dorado en el remate probablemente se agregó al mismo tiempo. Desafortunadamente, no queda rastro del antiguo arte barroco de la iglesia ni del órgano o los órganos anteriores, que debieron haber sido espléndidos. El órgano incluye un registro único con un nombre del gentilicio local, el "Tlaxaqueña", una mixtura de cuatro tubos pequeños afinados en tonos ligeramente diferentes para crear una disonancia intencional. El suave registro de flauta “Travesera” también es exclusivo de este órgano. Desde la restauración del año 2000, no ha sido posible realizar un análisis de la mecánica del órgano, pero es posible que pronto se permita el acceso a su interior.