Restauración: 2012-2014. Restauración del órgano por el Taller Gerhard Grenzing (El Papiol, España), restauración de la caja y tubos de fachada por la empresa USANZA (Eric González). Financiado por la Fundación Alfredo Harp Helú Oaxaca, Ing. Marciano Sánchez (de Tlacolula), la comunidad de Tlacolula y el IOHIO. El proyecto fue gestionado y organizado por el IOHIO. (Ver Restauración Tlacolula)

Antes de que se construyera este órgano en 1791, la iglesia de Santa María de la Asunción Tlacolula tenía tres órganos: un órgano grande del siglo XVII que el organista Juan Martínez, fundador de la dinastía familiar de los Martínez tocó en las décadas de 1770 y  1780; un órgano de 4´ tamaño mediano construido en 1721, tal vez en un taller de Tlacolula; y un órgano pequeño de 2´ construido para la capilla del Santo Cristo de Tlacolula a principios del siglo XVIII. Aunque Juan Martínez salió de Tlacolula en 1786 para asumir el cargo de primer organista de la Catedral de Oaxaca, continuó involucrado en los asuntos de Tlacolula. Probablemente fue su decisión mandar a construir un órgano nuevo, porque conocía las deficiencias del anterior. Es posible que él haya recomendado las especificaciones para el nuevo órgano y haya ayudado a elegir al organero. Las anotaciones en el libro de cuentas de la Cofradía del Señor de Tlacolula revelan que el órgano fue construido por el organero José Manuel Neri y Carmona, originario de Tamazulapan, por $700 pesos. El dorado costó $200 pesos adicionales, financiados con la venta del órgano mediano a la comunidad indígena de Ocotepec en 1792. Juan Martínez probablemente organizó la venta, ya que había vivido y trabajado en Ocotepec y conocía el estado del órgano existente allí. Vino de Oaxaca para afinar y armonizar el nuevo órgano de Tlacolula en 1792, y tal vez lo tocó para la inauguración. 

Uno de los tubos de trompeta interiores más altos tiene incisa la fecha de 1666, y los tubos de algunos registros del tiple pueden ser más antiguos que el resto. A finales del siglo XVIII, $700 pesos no podrían haber cubierto el costo de construcción de un órgano completo, especialmente cuando se compara con el costo del dorado de $200. El reciclaje de algunas de los tubos del órgano anterior habría reducido el gasto total. Sin embargo, fue imposible determinar exactamente qué parte de las tuberías se fabricaron en el siglo XVII y qué parte se hizo nueva en 1791. Las cruces de Malta (dominicanas) aparecen en el tubo de la fachada central y en la primera ventilla; ninguna de ellas estaba en un componente reciclado. La fecha 16N66 está separada por la letra N. Al parecer, era común dividir las fechas por la mitad e insertar un icono religioso en el medio. Sin embargo, en este caso era esencial, ya que tres 6 juntos significaban la bestia del Apocalipsis. La N de Natividad, en referencia a la Virgen María, supuestamente neutralizaba el controversial número. 

Este órgano monumental es estilísticamente anacrónico. Fue ricamente pintado, tallado y dorado al estilo barroco cuando la estética neoclásica ya estaba influyendo en la decoración de órganos e iglesias en Oaxaca. Sin embargo, parece que la comunidad de Tlacolula quería un instrumento lujoso en lugar de austero, tal vez similar a su órgano anterior y para complementar el interior barroco de la iglesia. La caja inferior es relativamente simple en comparación con la superior, porque no era visible desde la iglesia abajo. Los mascarones de los tubos de la fachada también están fuera de contexto histórico, ya que este elemento decorativo ya no se veía en Oaxaca después del último órgano de estilo barroco en Tejupan en 1776. Cada rostro es diferente en la fachada de Tlacolula y muestra una expresión algo triste e introspectiva en lugar de feroz; alternan entre tonos rojos y azules. Estos tubos de fachada finamente pintados, únicos entre los órganos mexicanos, se hicieron para el nuevo órgano y no se reciclaron del anterior. Los registros no son paralelos, aunque era cada vez más común en esta época. La mano izquierda sigue una progresión estándar, mientras que la mano derecha duplica los tonos de la octava de 4´ y la quincena de 2´, similar a órganos como Tlacochahuaya en la primera mitad del siglo. La mecánica de los registros es peculiar. Los de la izquierda se activan por tirar y los de la derecha por empujar. Se desconoce si así fue el arreglo original o una modificación. 

Se citan reparaciones de ambos órganos en 1829 y 1840 por los hijos de Juan Martínez, José Domingo y José Nicolas. Durante intervenciones posteriores en 1872 o 1878 (u otra no citada), se cortaron los tres tubos más grandes del órgano grande para eliminar la octava corta, y se subió el tono de 415 a 440 Hz, como ocurrió en todo México en esa época. Estos tres tubos habían sobresalido del techo de la torre central, pero una vez cortados, solo sobresalía el más alto y los demás eran lo suficientemente bajos como para exponer sus agujeros en el techo. Esto ahorró dinero en la construcción de una caja más alta (Chicagua, Tiltepec). Se hicieron nuevas etiquetas de registro erróneas, que increíblemente nombraban cinco lengüetas entre los siete registros de la mano derecha. Parece que el responsable de la restauración no fue un organero, sino un organista que simplemente adivinó los nombres de las notas. La restauración del órgano en 2016 fue impecable y su sonido "vocal" encanta a los organistas visitantes. Se toca regularmente en la misa y, ocasionalmente, en conciertos.