El órgano de Santiago Tejupan es extravagante tanto en su decoración como en su construcción, gracias al financiamiento de un señor rico de la comunidad. Los medallones tallados en la fachada citan el nombre del donante, Nicolás Ruis [sic], el de su esposa Bárbara, la fecha de construcción del órgano y su costo. Desafortunadamente, pero típicamente, no se identifica al organero. Además, los retratos de Nicolás y Bárbara están pintados en el costado izquierdo de la caja del órgano, junto con su santo patrón, San Nicolás de Tolentino. Santiago, el santo patrón de la comunidad, está representado a caballo en el costado derecho, apenas visible bajo capas de suciedad. Este órgano es el último en Oaxaca pintado con imágenes religiosas. Seguramente habrían existido cruces de Malta en algún tubo o ventilla, pero las piezas ya no existen. Al igual que el órgano de Huayapam, fue barnizado en el siglo XX, lo que oscureció los colores brillantes originales de la decoración pintada; el descuido lo ha oscurecido aún más. 

El órgano tenía dos hileras de lengüetas completas que sobresalían de la fachada: el registro típico del clarín y otro registro abajo de lengüetas de madera, etiquetadas como "tolosano", únicos en Oaxaca. Otra característica inesperada era su mecánica de suspensión directa sin tablero de reducción, como lo indica una varilla muy larga que aún se conserva. Un solo tubo de fachada canónigo, pintado con un mascarón y flores, recuerda la opulencia original del órgano. Los fuelles casi se quemaron con otros deshechos de la iglesia en 2000, pero fueron rescatados del montón de deshechos como una curiosidad, pero no porque recordaran a un órgano.