El órgano de San Andrés Sinaxtla está fechado en 1791, lo que lo coloca en la cúspide de los estilos barroco y neoclásico del arte sacro en Oaxaca. Las características de ambos son evidentes en la caja superior con elaboradas cornisas de estilo barroco conectadas a columnas de estilo neoclásico. Aunque es un órgano de 4´, la caja fue elevada para dejar espacio para la mecánica suspendida del teclado, pero también para que pareciera más imponente. Inscrito en la fachada está el nombre del donador, el costo de la construcción y la fecha de su inauguración: “Jacinta de la Cruz p. manda de su marido Marcelo de la Cruz ofreció este órgano el que costó 750 pesos Se estrenó el día 22 de mayo del año de 1791 a.”. Se glorifica al donador, pero no se reconoce al constructor del órgano. El órgano fue modificado seriamente alrededor de 1950 para que sonara más pianístico y romántico, tal vez por recomendación de los hermanos Victoria. Se cancelaron las lengüetas, se cortaron toscamente los tubos para eliminar la octava corta y subir la afinación a 440 Hz, se pintaron los tubos de la fachada de color plata y se reemplazaron las teclas del órgano por teclas de piano recubiertas de plástico.