El órgano de Santiago Tlazoyaltepec forma parte de un grupo de seis órganos oaxaqueños de 2´ que son casi idénticos en su construcción. Es uno de los órganos más importantes de Oaxaca porque una etiqueta dentro de la caja cita no sólo la fecha de construcción, 1724, sino también el nombre del constructor del órgano, Marcial Ruis (Ruiz) Maldonado. La caja, la mesa y la caja de los fuelles aún conservan su decoración barroca original. Las superficies planas de la caja del órgano están pintadas con imágenes de figuras religiosas: en el lado izquierdo, San Pedro; en el exterior de la puerta izquierda, el Apóstol Santiago; en el interior de la puerta izquierda, un ángel músico tocando un bajón; en el interior de la puerta derecha, un ángel músico tocando una viola da gamba; en el exterior de la puerta derecha, San Juan Evangelista; en el lado derecho, San Pablo; y en el panel trasero, el Rey David tocando un arpa. Los ojos y la boca del Rey David y de uno de los ángeles que lo rodeaban fueron raspados (al igual que en el pequeño órgano de Coixtlahuaca); la razón es un misterio. Falta la tapa superior del órgano. La primera ventilla está marcada con una cruz de Malta 

El órgano se mantuvo en buen estado y se tocó regularmente. Las etiquetas de papel dentro de la caja citan una intervención en 1871 por José de Jesús Cano, de la familia de organeros Cano, y por el organero desconocido José Domingo León (etiqueta incompleta sin fecha). El órgano está ubicado en un coro rústico con piso de tierra y una escalera poca segura para acceder. Dado que la comunidad invirtió en su mantenimiento y uso, es posible que alguna vez el órgano haya estado en un lugar más visible en la iglesia. En algún momento, mientras el órgano todavía estaba en uso, se cancelaron los registros accesorios (bardón y pajaritos) y se quitaron los cabos de sus correderas. Una vez que dejó de usarse y se quitaron los tubos y el teclado, es posible que lo hayan trasladado al coro. El interior del órgano se dañó en 2013 cuando una lámpara reflectora, que quedó guardada provisionalmente boca abajo dentro de la caja después de una celebración comunitaria, se encendió inadvertidamente. Quemó unos libros religiosos antiguos y destruyó gran parte del secreto. Afortunadamente, el humo alertó a las autoridades y el fuego se extinguió antes de que incendiara todo el órgano y se extendiera al techo y el coro de madera de la propia iglesia.