Reconstrucción: 1996-1997, Susan Tattershall (Órganos Históricos de México). La caja fue restaurada por SEDUE (Secretaría de Desarrollo Urbano y Ecología) en 1990 y por Miguel Villeda en 1996. Los nuevos tubos fueron hechos por Pascal Boissonet. El proyecto fue financiado por la Fundación J. P. Morgan.

Ubicado en una tribuna alta al lado derecho de la nave, el órgano de pequeño de Santa María Natividad Tamazulapan forma parte de un grupo de seis órganos de mesa de 2´ de la Mixteca Alta región de Oaxaca que son casi idénticos en su construcción. Es el más pequeño de los seis, con la pintura de la caja más fina y es el único órgano restaurado. Está decorado por todas partes con imágenes religiosas: lado izquierdo, San Francisco; puerta izquierda exterior, San Nicolás de Bari; puerta izquierda interior, ángel músico tocando un laúd; puerta derecha interior, ángel músico tocando una viola da gamba; puerta derecha, San Antonio de Florencia; lado derecho, San Antonio de Padua. La caja, la mesa y las piezas superior e inferior de los fuelles son originales. Los tubos, el teclado, el secreto y la mecánica fueron reconstruidos. Este es el único órgano oaxaqueño restaurado que no cuenta con un motor, por lo que los fuelles tienen que ser accionados manualmente. El órgano se enfrenta a un órgano grande no restaurado del siglo XIX al otro lado de la nave.