El órgano pequeño de San Juan Bautista Coixtlahuaca forma parte de un grupo de seis órganos de mesa de 2' que son casi idénticos en su construcción. La caja está exuberantemente decorada con flores e imágenes de figuras religiosas: el Arcángel Rafael en el costado izquierdo, San Juan Bautista en la puerta izquierda, el Arcángel Miguel en la puerta derecha y el Arcángel Gabriel en el costado derecho. Las puertas interiores están pintadas con ángeles músicos tocando un fagot a la izquierda y una corneta a la derecha (desfigurada). Una vez que el órgano dejó de funcionar y se vaciaron sus tubos y componentes interiores (las pocas piezas del secreto que quedaron confirmaron la disposición), fue reutilizado en la década de 1950 como un bonito mueble para la recámara del sacerdote. Se instaló un cajón donde había estado el secreto y se insertó un estante en medio. Gracias a esta reutilización se conservó la caja del órgano, aunque se perdió la mesa.