El órgano de Santiago Ixtaltepec forma parte de un grupo de seis órganos de mesa de 2' que son casi idénticos en su construcción. Este órgano fue reconstruido en estilo histórico en 1872 por el organero oaxaqueño Jesús Cano y es el único del grupo (aparte del órgano reconstruido en Tamazulapan) con tubos y un teclado. La caja del órgano, la mesa y la caja de los fuelles están profusamente decoradas con motivos de acanto. Las imágenes en la fachada y los costados de la caja representan a los fundadores de la orden jesuita: lado izquierdo, San Francisco de Borja; exterior de la puerta izquierda, San Ignacio de Loyola; exterior de la puerta derecha, San Francisco Javier; lado derecho, San Luis Gonzaga. Las imágenes jesuitas son sorprendentes en la Mixteca Alta, territorio principalmente de los dominicos, y el órgano pudo haber sido comprado o donado de una iglesia jesuita después de la expulsión de la orden de México en 1767.