El órgano de San Pedro Cholula forma parte de un grupo de seis órganos de mesa de 2', ubicados en la región de la Mixteca Alta, que son casi idénticos en su construcción. Este órgano es el más grande del grupo con siete registros, incluyendo una mixtura IIII con tubos muy pequeños, lo cual es bastante inusual para un órgano de 2´. La mesa ha conservado su decoración original del siglo XVIII, pero la caja, cuya pintura original puede haber representado figuras religiosas como en el órgano de la ciudad vecina de Tlazoyaltepec, parece haber sido removida antes de que la caja fuera repintada con esmalte rojo en el siglo XX. La pintura interior actual se aplicó después de que el órgano ya no estaba en uso, no tenía tubos y parecía servir como una caja de almacenamiento decorativa. Cuando el IOHIO descubrió el órgano en 2003 en el piso de la iglesia, estaba lleno de papeles viejos. Los fuelles se estaban utilizando en reparaciones de la iglesia y la mesa estaba apilada con adornos de la iglesia en el pequeño coro. Armamos el órgano en 2007.