Reparado: 2003 por Salvador Soto, estudiante de la ENCRyM (Escuela Nacional de Conservación, Restauración y Museografía); la reparación fue cuidadosa y adecuada dado el reducido presupuesto. El proyecto fue financiado por las autoridades municipales de Zapotitlán.

El órgano de San Pedro Zapotitlán Lagunas y los instrumentos similares en Ahuehuetitlán, Ihualtepec y Tamazola se encuentran en comunidades relativamente cercanas en la región noroeste de la Mixteca Baja, cerca de la frontera del estado de Puebla. Fueron construidos a lo largo de casi 40 años por el Taller de Organería de la familia Castro de Puebla, que dominó la construcción de órganos en el área a lo largo de casi todo el siglo XIX. El órgano de Zapotitlán es el único órgano en funcionamiento del grupo; desafortunadamente, con más de 20 años después de su reparación, se toca rara vez o nunca. Es una versión más modesta del órgano de Tamazola que cuenta con un registro de clarines, por ejemplo, mientras que el de Zapotitlán no lo tiene. Aunque no está fechado, el órgano de Zapotitlán probablemente se construyó en la misma época que el de Tamazola, ca.1888. Los órganos Castro están bien hechos y tienen una apariencia elegante. Se distinguen inmediatamente de los órganos construidos en Oaxaca por sus costados rectos (sin caderas) y paneles con casetones decorativos en la caja inferior, perforaciones simétricas en los costados y el lado trasero de la caja superior, un perfil curvo sobre las torres planas interiores, un teclado extendido y conductos de aire de metal. Los nombres de los registros y el registro de la corneta son típicos de la construcción de órganos de Puebla, pero no de Oaxaca.