El órgano de San Juan Ihualtepec, al igual que los de Ahuehuetitlan, Tamazola y Zapotitlán, están ubicados en comunidades relativamente cercanas en la región plana noroeste de la Mixteca Baja, cerca de la frontera con el estado de Puebla. Fueron construidos por el Taller de Organería de la familia Castro de Puebla, que dominó la construcción de órganos por toda la zona norte durante el siglo XIX. Los órganos Castro estaban bien hechos con una apariencia elegante y se distinguían inmediatamente de los órganos oaxaqueños. Sus características incluyen los costados rectos de la caja (sin caderas), paneles con casetones cuadrados o rectangulares en lugar de tallas decorativas en la caja inferior, perforaciones simétricas o rejillas en los costados y el lado trasero, un perfil superior curvo sobre las torres planas interiores, tiradores de registros en dos filas, un teclado extendido y portavientos de metal.  Los nombres de los registros son típicos de la organería poblana. El órgano de Ihualtepec es el primero en Oaxaca firmado por un organero de la familia Castro. Es una versión un poco más pequeña del órgano de Ahuehuetitlán y no cuenta con un clarín ni una base tonal del bardón 8´.