El órgano de San Pedro Quilitongo forma parte de un grupo de cuatro instrumentos similares de 8´ cuya mecánica fue construida total o parcialmente en un taller en Puebla y transportada a Oaxaca. La caja, construida en la comunidad, tiene caderas y un lambrequín decorativo, característicos oaxaqueños, en la sección inferior. Sin embargo, la caja superior revela influencia poblana: un perfil superior curvo, una caja superior más ancha que la inferior, cruces rectangulares (no de Malta) pintadas en el tablero de reducción y nombres de registros particulares de Puebla. A diferencia de los otros órganos similares, un tablón acanalado, inusualmente ancho, alimentaba el flautado mayor. en lugar de conductos de metal.

El órgano es desproporcionadamente grande para su iglesia y aparentemente fue adquirido de otra iglesia también dedicada a San Pedro en el siglo XX. Un informante mencionó que el techo del coro se había elevado para que el órgano, por su altura, cupiera. Los símbolos de San Pedro, la mitra papal y las llaves del cielo, similares al órgano de San Pedro Ozumacin, además de una cruz rectangular en el remate, están tallados sobre la torre central. En contraste, símbolos religiosos eran raros en los órganos construidos en Oaxaca en este tiempo. En 2008, el IOHIO recuperó y fijó la mayoría de las tallas a la caja superior.