El órgano de Santo Domingo Nuxaá forma parte de un grupo de cuatro órganos similares de 8´ cuya mecánica fue construida total o parcialmente en un taller en Puebla y transportada a Oaxaca. La caja del órgano con sus características caderas oaxaqueñas y un lambrequín decorativo tallado en la caja inferior parecen haber sido hechos por un carpintero local. Las características que indican influencia poblana incluyen una caja superior más ancha que la inferior, un perfil superior curvo y un panel redondeado sobre la torre central, una cruz rectangular (no de Malta) en la primera ventilla del secreto, los nombres poblanos de los registros, varillas rectangulares suspendidas en lugar de redondas, y portavientos de metal para alimentar el flautado. Los tiradores para el clarín de la mano derecha y el flautado de la izquierda están colocados a los lados de la ventana y quizás el clarín fue agregado después, ya que el tablón no está centrado.