El órgano de San Miguel Huautla forma parte de un grupo de cuatro órganos similares de 8´ cuya mecánica fue construida por organeros poblanos, pero cuyas cajas fueron construidas en sus comunidades con caderas estilo oaxaqueño. Fragmentos de finas tallas dan testimonio de un instrumento hermoso, pero ahora está hecho pedazos. Desafortunadamente, falta el marco para poder reconstruirlo, aunque sea parcialmente, pero lo más probable es que la caja superior hubiera sido más ancha que la inferior como las demás del grupo. El órgano fue desmontado y casi todas las piezas sueltas, menos la caja para contenerlas, se conservaron en una bodega debajo de la tribuna del órgano. En 2023, el IOHIO pasó dos días desarmando una reconstrucción imaginaria realizada por un carpintero local y uniendo lo que fue posible a un marco de fachada simple hecho en el pueblo.