El órgano se San Pedro Ozumacín, junto con el de San Pedro Quilitongo, podría ser el último órgano fijo en Oaxaca con símbolos religiosos tallados en la caja. El panel central inferior representa símbolos de San Pedro: la mitra papal y las llaves del cielo. La caja superior está decorada con tallas caladas e incluye un compás y dos herramientas de escuadra en medallones sobre las tres torres. Los símbolos de carpintería, especialmente cuando se combinan con imágenes religiosas en el mismo órgano, son un misterio. Tal vez tenían la intención de honrar al gremio que financió la construcción del órgano o hizo la caja. La caja superior es más ancha que la inferior, más común en Puebla, y las caderas rústicas parecen ser un relleno entre las cajas en lugar de un elemento de diseño. Una cruz rectangular (no cuadrada de Malta) pintada en el tablón de reducción también indica una construcción de Puebla. El órgano es desproporcionadamente grande para la iglesia de Ozumacin con su pequeño coro. A pesar de que está ubicado en una tribuna lateral más baja, aún llega al techo de la iglesia. Es posible que el órgano haya sido adquirido de otra iglesia dedicada a San Pedro.