La caja del órgano de Santiago Lachiguiri está hecha de cedro y bien conservado. Es un poco grande para un órgano de 4´, la caja inferior es más estrecha que la superior y las tres torres de la fachada son planas. Las finas tallas decorativas neoclásicas arriba de las torres y el lambrequín tallado debajo del teclado son típicos de los órganos oaxaqueños de principios del siglo XIX. La tubería de metal para el registro principal indica la influencia de la organería poblana. 

Durante nuestra primera visita en 2001, el IOHIO descubrió cuatro clavicordios de mesa en cajas de madera que descansaban contra la pared del coro. Estaban en distintos grados de reparación y solo uno tenía su teclado y cuerdas. Dos de los otros tres clavicordios documentados en México están en museos y el tercero, solo un armazón vacío, está en la comunidad oaxaqueña de Santa María Pápalo. Cuatro tubos de órgano decorados con caritas similares a las de Tlacochahuaya y Quiatoni debieron pertenecer al órgano barroco anterior del siglo XVIII. Una colección de instrumentos de banda, de finales del siglo XIX o principios del XX, se encontró amontonada en el coro. La combinación de un órgano existente, evidencia de un órgano anterior, los clavicordios y los instrumentos de banda dan testimonio de una rica vida musical en tiempos pasados en esta comunidad. 

Durante el terremoto de 2017, la iglesia, incluido el techo sobre el coro, resultó gravemente dañada. El órgano fue desmontado por el INAH en 2019, embalado y almacenado en la sacristía; su destino es imposible de predecir.