El órgano de San Antonino el Alto, junto con los de Asunción Mixtepec y San Bartolo Yautepec, son los tres que se conservan en la región de la Sierra Sur. Sin embargo, San Antonino no era su ubicación original y el órgano fue comprado en 1864 de una comunidad desconocida, posiblemente en otra región. Se modificó para crear un sonido más grande: se amplió el secreto y se construyó una extensión en la parte posterior del órgano para acomodar un bardón de 8´. La cornisa de estilo barroco indica que probablemente se trata de un instrumento de principios del siglo XVIII.

El rústico órgano de San Antonino el Alto tiene tres torres planas y lambrequines neoclásicos tallados en la caja inferior, al igual que los otros órganos ubicados en la región de la Sierra Sur, Asunción Mixtepec y San Barolo Yautepec. Su cornisa de estilo barroco indica una construcción de principios del siglo XVIII, y las caderas cuelgan de los costados de una caja que de lo contrario sería rectangular. Parece que el órgano se originó en otra comunidad, como lo indica una inscripción en letras finas en el costado derecho: “San Antonino el Alto…1864”. Pudo haber sido comprado de otra iglesia de la región o de un constructor de órganos que compró y revendió órganos. Fue modificado antes o después de su traslado para crear un sonido más profundo. Se construyó una extensión en la parte posterior de la caja para acomodar un bardón de 8´ agregado al secreto. Tal vez se agregó el registro completo del clarín al mismo tiempo. La apariencia modesta de este instrumento oculta un sonido sorprendentemente rico.