El órgano de San Bartolo Yautepec es una versión pequeña de un órgano más grande de estilo oaxaqueño del siglo XIX. Fue construido de cedro, resistente a la carcoma, por lo que las tallas decorativas neoclásicas están en excelentes condiciones. El lambrequín tallado debajo del teclado es inusualmente fino. La mecánica de los registros revela las puntas de las correderas que sobresalen de los costados de la caja, más típicas de un órgano de mesa que de un órgano fijo (pero similar al órgano de Ocotepec/Tlacolula). La mecánica del teclado está suspendida con un tablero de reducción y varillas muy cortos. Una referencia de archivo cita a un organista en 1707 que habría tocado un órgano anterior, tal vez del siglo XVII. Un inventario de mobiliario de la iglesia en 1803 incluye un órgano pequeño (el actual), por lo que habría sido construido antes de esa fecha. La ubicación original del órgano probablemente estaba por el lado izquierdo del coro, indicado por un corte rectangular en la base de la caja para el tronco de aire; los fuelles habrían estado sobre una mesa a la izquierda. Actualmente se encuentra en la esquina derecho del coro.

Cinco fuelles, amontonados sobre una mesa junto al órgano, pueden ayudar a explicar su historia. Los primeros, dos fuelles de cuña con costillas, fueron alzados mediante manijas en la tapa superior; habrían quedado sobre una mesa detrás del órgano de mesa anterior. Este órgano habría sido utilizado durante el siglo XVIII y Domingo Flores lo habría tocado desde el coro o la iglesia abajo. El segundo juego, dos fuelles de cuña de cuero, fueron accionados por palancas largas; se colocaron sobre la mesa existente o una similar al lado izquierdo del órgano actual. Estos fuelles probablemente se utilizaron durante el siglo XIX. El último fuelle, del tipo reserva, se habría colocado en el piso y utilizado a fines del siglo XIX y principios del XX. Algún tiempo después, uno de los fuelles de reserva fue separado y reposicionado dentro de la caja. Un pedal sobresalía de un corte rectangular cerca del piso que el organista podía bajar para accionar el fuelle. La caja del órgano también fue cortada en el techo de la torre central, de modo que una puerta controlada por una cuerda y una polea pudiera abrir y cerrarse para dejar espacio adicional para los tubos más altos y para controlar el volumen del sonido. 

La caja del órgano de mesa original debe haberse deteriorado, porque se construyó una nueva caja más grande (la del órgano actual) que incorporó el antiguo secreto. Esto explica la mecánica de registros con las puntas de las correderas salientes en los costados. El secreto fue reposicionado arriba del teclado desde su posición anterior abajo. (El secreto original del órgano de mesa de Matatlán fue reutilizado de manera similar para una nueva caja más grande, pero no se movió de su posición original debajo del teclado.) El secreto de Yautepec revela su origen del siglo XVIII por la repetición de la octava anterior del registro más alto y su división en si/do’ en lugar de do’/do#’.

En 2001, durante nuestra primera inspección del órgano, notamos un grupo de instrumentos de banda antiguos reunidos debajo de una mesa junto al órgano. Resultaron haber sido importados de Francia en el siglo XIX. Los fuelles estaban amontonados sobre la mesa, mientras que dos baúles de madera quedaron sobre una segunda mesa al lado. Al abrir los baúles, nos sorprendió encontrar en uno de ellos un tesoro de libros de canto gregoriano de principios del siglo XVIII. Entre los libros se incluía el modesto cuaderno de trabajo del músico Domingo Flores, nativo de Yautepec, quien anotó la música vocal polifónica que escuchó y tal vez compuso mientras trabajaba en el cercano centro de evangelización de Santo Domingo Nejapa. Las transcripciones de la música del musicólogo Aurelio Tello, "El Cuaderno de Domingo Flores", fueron publicadas en 2023 por la Fundación Alfredo Harp Helú Oaxaca. Siga el enlace para leer la descripción del descubrimiento (pp. 9-11) y las partituras y el texto de las páginas transcritas del Cuaderno. El enlace también le permitirá escuchar la música interpretada durante los Festivales de Órgano del IOHIO en 2009 y 2010. La comunidad de San Bartolo Yautepec es una de las pocas en Oaxaca que posee la evidencia de su rica cultura musical a lo largo de casi tres siglos.