El órgano de Santa María Tiltepec parece ser el más antiguo de Oaxaca. Una referencia de 1703 nota que los “indios del pueblo de Tiltepec” hicieron pagos a un fraile dominico en Coixtlahuaca para la construcción de un órgano para su iglesia. Este órgano y su iglesia del siglo XVI con la famosa fachada tallada son dos de los monumentos coloniales más fascinantes de Oaxaca. El órgano parece haber sido costoso, como lo demuestra la suntuosa decoración tallada en lugar de pintada de la caja, pero no fue financiado por un donador rico, sino por contribuciones de los indígenas locales. Desafortunadamente, no se sabe nada sobre el constructor del órgano y sus antecedentes. Las intervenciones de más de tres siglos complican la distinción entre la construcción original y las modificaciones. Sin embargo, es seguro que el aspecto básico del órgano con sus características caderas oaxaqueñas no ha cambiado. 

Características especiales del órgano de Tiltepec:

• Es el único órgano fijo en Oaxaca con puertas en la fachada para proteger el teclado.

• Tiene una lengüeta de 8´ (trompeta real) y una flauta tapada de 8´ (bardón), pero carece de un flautado principal de 8´ porque la caja no era lo suficientemente alta. No tiene lengüetas horizontales (clarines). Los cuatro tubos más altos, dos de la trompeta real y dos del bardón, sobresalen del techo del lado izquierdo de la caja. 

• Siete registros están ubicados a cada lado de la ventana y conectados a árboles giratorios horizontales en lugar de verticales. Cuatro palancas de hierro colgantes en la parte superior se movían de un lado a otro para controlar los registros del flautado y de la quincena. 

• Tres registros accesorios incluyen cascabeles (tubos pequeños que tintinean), similares al registro “tlaxaqueña” en Tlaxiaco, un registro de tambor al lado derecho y un registro de pájaritos al izquierdo (en orden inverso del normal). El tambor consistía en tres tubos de madera tapados en lugar de dos.

• Cruces de Malta están pintadas en la primera ventilla del secreto y el primer molinete del tablero de reducción. Los tubos de la fachada no son originales, pero los originales probablemente estaban decorados y el tubo central habría tenido una cruz de Malta.

• Dos caras talladas de perfil con rasgos europeos y cabello rubio sobresalen de los lados de la caja; se mezclan en la talla barroca del órgano, pero su historia y significado son un misterio.

• Se utilizaron páginas arrancadas de un libro de canto gregoriano para tapar las fugas en el tronco de aire, algo que resulta horroroso para los ojos modernos, pero que se debió a la escasez de papel y el costo alto de piel. 

Anotaciones en el interior de la caja citan algunas de las reparaciones realizadas. En 1872 y nuevamente en 1886, el órgano fue intervenido por el mismo organero, probablemente uno de los hermanos Cano. El teclado fue reconstruido en el siglo XIX o XX con hermosos semicírculos concéntricos inscritos en las caras de las teclas, chapas de hueso y sostenidos largos de ébano como las teclas del piano. El nombre del organero guerrerense Juan Silva aparece sin fecha, pero probablemente fue alrededor de 1927 cuando afinó y reparó el órgano de San Mateo Yucucuí. Durante el siglo XX, los siete tubos más graves del flautado mayor se cortaron toscamente para eliminar la octava corta y subir la afinación a 440 Hz. El órgano lo tocaban los hermanos Victoria Carreón de Sinaxtla y varios otros, incluyendo algunos de la comunidad. Es posible que los hermanos hayan recomendado o supervisado las modificaciones de este órgano y otros. El órgano se dejó de tocar en la década de 1970, cuando se movieron los fuelles debido a un proyecto de restauración en el coro. En 2002, unas restauradoras pintaron la caja, basándose en sus tonos descoloridos existentes, utilizando pintura sobrante de otro proyecto en la iglesia. Aunque su decisión fue controversial, fue solo una intervención más de muchas a lo largo de los siglos para mantener el órgano con un aspecto atractivo y para evitar su deterioro.