El órgano de Santa María Alotepec, localizado en la Sierra Mixe, es uno de los órganos oaxaqueños más recientes. Fue construido de cedro al estilo neoclásico tradicional y posteriormente entintado y barnizado lo que oscureció el color. La caja y sus tallas se encuentran muy bien conservadas, pero desafortunadamente, faltan muchas piezas del órgano. La fachada incluye paneles con casetones decorativos, elemento decorativo característico de la organería poblana. En nuestra primera visita en el año 2000, conocimos al organista anterior quien nos contó la historia, contada por su abuelo, de cómo se transportó el órgano desde un taller en el Valle de Oaxaca hasta su comunidad alrededor de 1870-1880.