Restauración: 2016, restauración de órgano a cargo de la Compañía Gerhard Grenzing (El Papiol, España), restauración de caja y tubos de fachada a cargo de USANZA de Eric González; financiado por la Fundación Alfredo Harp Helú Oaxaca, la comunidad de Jalatlaco y el IOHIO. El proyecto fue iniciado y organizado por el IOHIO. (Véase Restauración de Jalatlaco)

El órgano de San Matías Jalatlaco es un excelente ejemplo de la construcción de órganos oaxaqueños del siglo XIX en cuanto a su mecánica, disposición de registros y construcción de la caja. Es el único órgano oaxaqueño restaurado profesionalmente del siglo XIX; los otros instrumentos que están actualmente en funcionamiento datan del siglo XVIII. El teclado extendido y el temperamento “casi igual” permiten una gama más amplia de repertorio; debido a esto, el órgano de Jalatlaco se toca frecuentemente. La decoración de la fachada revela las iniciales finamente talladas del organero, Pedro Nibra, y lo que podría ser su propio rostro en la celosía de la torre central. Las reparaciones y modificaciones en 1880 incluyeron pintar el órgano de azul y cancelar el clarín. El fuelle de reserva es el primero documentado en Oaxaca.