El órgano de Santa Cruz Amilpas es el último órgano oaxaqueño construido al estilo tradicional. Los otros órganos del estado de la década de 1880 fueron construidos por organeros de Puebla y el órgano de Amilpas incorpora algunas de sus innovaciones. El órgano está terriblemente deteriorado, aunque es "joven", porque después del terremoto de 1931, el techo de la iglesia se abrió y el órgano estuvo desprotegido durante 30 años antes de que se reconstruyera el techo. Así que se tocó durante sólo 47 años. El órgano fue trasladado recientemente hacia el barandal del coro en previsión de las reparaciones de la cúpula y lamentablemente sufrió aún más daños. La fotografía es un compuesto, porque por la posición actual del órgano, un retrato de frente ya no es posible.