El órgano de San Pedro Mártir Yucuxaco es uno de los instrumentos históricos menos alterados de Oaxaca y más apreciado por los organeros. La fecha de construcción, 1740, y una cruz de Malta están grabadas en el tubo central de la fachada y en el interior trasero de la caja. Otra cruz aparece en la primera ventilla del secreto. La caja fue construida de buena madera y no ha sido dañada por la carcoma. Sin embargo, su aspecto general es austero, y solo las celosías tienen tallas decorativas. Incorporadas al tallado de la torre central están dos rostros viéndose de frente con rasgos indígenas. Este detalle es único, pero su significado probablemente nunca se determinará. La disposición del órgano es idéntica a la de Zautla y de Quiatoni y Tlacochahuaya antes de sus modificaciones. Los registros bajos y tiples no son paralelas y están reforzados de diferentes maneras. La mano izquierda sigue una progresión estándar, mientras que la mano derecha duplica los tonos del flautado 4´ y de la octava 2´.  Los interiores de estos tres órganos pueden haber sido similares, pero sus exteriores no lo eran, porque Yucuxaco no fue pintado con imágenes religiosas. Un papel con una cruz dominica finamente dibujada en tinta negra es la única decoración en el frente de la caja. 

El órgano conserva casi todos sus tubos y componentes mecánicos originales. Una etiqueta de papel dentro de la caja cita una reparación en 1840 por Joaquín Bonavidiz (Bonavides) de la dinastía Martínez de constructores de órganos. En ese momento o durante una intervención posterior, se agregaron nuevas etiquetas de registros sobre las jaladeras laterales. Están más o menos intactas y legibles por el lado izquierdo, pero se despegaron por el derecho. El teclado es original y está en muy buenas condiciones después de casi tres siglos. Quizás el órgano no se tocaba con regularidad. Se agregaron pequeñas etiquetas al teclado que identificaban las teclas C, D, E, etc. (no con el sistema de solfeo), probablemente porque el material didáctico usaba ese sistema. El órgano estaba ubicado originalmente en el piso de la iglesia, luego se subió al nuevo coro en la década de 1940. Se volvió a bajar mientras se reconstruía el techo de madera con ladrillos en 1975. Cuando se volvió a subir al coro, no se sabe si el órgano sobrevivió a tanto movimiento y todavía funcionaba. De no ser así, los fuelles y su mesa, que quedaban en el nicho detrás del órgano, podrían haber desaparecido. La tabla faltante de la frente de la caja fue reconstruida por el IOHIO en 2022.