Restauración: 1991-1993, restauración de la caja pintada por SEDUE (Secretaría de Desarrollo Urbano y Ecología). 1996-1997, restauración del órgano por Susan Tattershall (Órganos Históricos de México); financiado por Fomento Social Banamex y la comunidad de Zautla

El órgano de San Andrés Zautla forma parte de un grupo de instrumentos de 4´ del siglo XVIII, que comparten similitudes en diseño musical, construcción técnica, perfil de caja y/o decoración pintada. Este órgano es de dimensiones medianas y está colocado sobre una mesa como un órgano procesional agrandado. Sin embargo, a diferencia de los órganos de mesa de 2´, estos homólogos de 4´ son demasiado grandes y pesados ​​para mover fácilmente. El órgano de Zautla es una joya barroca, exquisitamente pintado, tallado y dorado. Cada superficie rectangular está decorada con la imagen de un santo o un arcángel: en el costado izquierdo, San Pedro; en el exterior de la puerta izquierda, el Arcángel Miguel; en el interior de la puerta izquierda, el Arcángel Rafael; en el interior de la puerta derecha, el Arcángel Uriel; en el exterior de la puerta derecha, el Arcángel Gabriel; en el costado derecho, San Andrés. Incluso la parte posterior del órgano está pintada con diseños de acantos en espiral (similares a Quiatoni). Los tubos de la fachada están decorados con flores de colores vivos y rostros algo felinas adornados con moños rojos cuyas bocas están formadas por las aberturas de los tubos. El sonido de este pequeño órgano es sorprendentemente robusto y se combina muy bien con la acústica de la iglesia. 

Antes de su restauración, el órgano se había deteriorado hasta el punto de que incluso las personas más mayores del pueblo no recordaban su sonido. Sin embargo, el instrumento siempre estaba protegido y se movía de un lado a otro cuando se realizaban obras de reparación en la iglesia. Sorprendentemente, la hermosa caja, los tubos de la fachada y la mayoría de los tubos interiores lograron sobrevivir a lo largo de los siglos. Durante la restauración, se reconstruyeron el teclado que faltaba, los fuelles y su mesa. Se recuperó la octava corta con extensiones en los primeros tubos de cada registro. Sin embargo, el presupuesto no cubrió la restauración de la afinación original de 392 Hz, por lo que se quedó en 415 Hz, ni tampoco la pintura de las extensiones de los tubos de la fachada. El órgano estaba situado originalmente en el piso de la iglesia, a medio camino del altar, a la derecha, y en 1999 fue trasladado al nuevo coro. La fecha de construcción del órgano, 1726, fue descubierta en el año 2000, inscrita en el tubo central de la fachada.