El órgano de San Pedro y San Pablo Teposcolula está situado en una tribuna alta al lado izquierdo que fue conectada originalmente por un pasillo estrecho al coro. Los frailes dominicos tenían acceso directo desde el monasterio al coro y de ahí al órgano. El pasillo fue eliminado en 2010 por razones de seguridad. El perfil y forma general del órgano son similares a los de Yanhuitlán, aunque en una escala más modesta. Como era usual de muchos órganos, no fue pintado hasta años o siglos después de su construcción original (y muchos nunca lo fueron, por ejemplo, Yucucuí). Una cruz de Malta pintada en la primera ventilla indica una construcción del siglo XVIII. Presenta motivos religiosos barrocos como el símbolo de la concha de Santiago tallado en las bases de las torres y el remate del órgano, coronado con una cruz, así como una hilera de medallones ovalados a lo largo de la fachada. Los documentos hacen referencia a un organista indígena de la comunidad en 1597 y a una reparación en 1676, lo que confirma la existencia de un órgano anterior. 

En 1879, el instrumento fue modificado drásticamente. Tres de los diez registros originales fueron cancelados y otros poco después. La última lista de registros utilizó nombres poblanos. Se instaló un pedalero por un tiempo, luego se quitó. El teclado fue reconstruido al estilo del teclado de un piano. Los tubos de la fachada dañados fueron reemplazados por tubos de zinc de color oscuro y más resistentes que los de plomo-estaño. La caja y su decoración tallada inusualmente fina fueron pintadas de blanco (similar a Tlaxiaco) con toques de verde claro y dorado, probablemente durante el siglo XX, creando un aspecto tranquilo apropiado para la época neoclásica. En 2010, las finas tallas fueron doradas para hacer que el órgano se viera más impresionante, pero en cambio lo hicieron parecer pesado en la parte superior. No existía evidencia física o de archivo que justificara la redecoración del órgano.