El órgano de San Miguel Tequixtepec originalmente tenía un teclado de 42 notas, similar a algunos órganos de mesa de Tlaxcala. Es posible que haya sido comprado de una comunidad de Puebla, más cerca que la ciudad de Oaxaca, como lo indican los típicos paneles cuadrados   decorativos en la caja. Luego habría sido modificado en Tequixtepec para acomodar tres notas adicionales en el secreto y crear un teclado estándar de Oaxaca de 45 notas. El órgano es extremadamente alto y el flautado mayor está dividido diatónicamente entre el frente y el trasero del órgano, resultando en dos fachadas, cada una con sus dos puertas, como en el órgano de Peñoles. La foto del órgano está invertida para mostrar la talla que falta en el frente; también faltan las puertas y la tapa superior. La caja se había utilizado para almacenar floreros y candelabros antes de que lo moviéramos a un cuarto cerca de la iglesia. En 2013, el IOHIO reconstruyó la mesa faltante para levantar el órgano del piso.