El órgano de San Bartolo Soyaltepec es característico de los órganos de Tlaxcala del siglo XVIII y seguramente fue importado, ya que no se parece a los órganos construidos en Oaxaca del mismo período. Los órganos de mesa oaxaqueños de 2´ tenían teclados de 45 notas y generalmente estaban decorados con imágenes religiosas. Los órganos de Tlaxcala comparables por lo general tenían teclados de 42 notas y no estaban pintados, sino decorados con paneles rectangulares en la caja. Este instrumento tiene puertas de doble bisagra que, al abrirse, quedaron planas contra los costados de la caja y facilitaron su transporte para las procesiones por el amplio atrio frente a la iglesia. La mesa había sido pintada de dorado y reutilizada para llevar una imagen religiosa en procesión; los toques de pintura en la caja datan del siglo XX. Falta el remate triangular de la caja.