El órgano de Santa María Peñoles es un mueble alto con puertas al frente y atrás que jamás se imaginaría como un instrumento musical. Cada puerta cubría la mitad del flautado mayor de 4´ que estaba dispuesto diatónicamente al frente y al trasero (DO frente, DO# atrás, RE frente, etc.). Cuatro ángeles músicos rústicos fueron pintados en los cuadrantes del frente de la caja, pero solo uno tocando un laúd es visible y los otros apenas. El resto de la caja fue decorada por dentro y por fuera con diseños florales rústicos, después de que se quitaron los tubos antes de 1901, como se citó en un inventario de bienes eclesiásticas de 1908. Esto implica que la caja probablemente se utilizó para almacenamiento y, por lo tanto, se conservó. El secreto está en excelentes condiciones y una cruz de Malta está pintada en la primera ventilla. 

El órgano fue descubierto por casualidad en el oscuro antiguo coro en 2003. Afortunadamente, el flash de la cámara reveló los detalles después de la visita. El órgano quedó destapado bajo un corredor techado junto a la iglesia durante unos tres años mientras se realizaba un proyecto de reparación. Luego fue abandonado allí, porque ya no cabía en el nuevo coro. El IOHIO lo trasladó de nuevo a la iglesia en 2007 y reconstruyó la mesa faltante en 2013. Es un instrumento fascinante y un descendiente muy alto y transformado de un órgano de mesa procesional.