El órgano de San Miguel Arcángel Tlalixtac era uno de los instrumentos más grandiosos de Oaxaca del siglo XIX, y su sonido se escuchaba aparentemente a kilómetros de distancia. Su diseño es inusual, con la imponente caja superior apoyada sobre las caderas de la inferior. Una caja inferior más ancha en proporción a la superior sería el estilo tradicional de la organería oaxaqueña. Pero este órgano sirve como otro ejemplo de desviación de la norma, generalmente justificada por la reducción del costo del proyecto. Es bastante difícil imaginar el impacto visual de este órgano por su estado deteriorado actual, esencialmente porque faltan los tubos de metal de la torre central y solo se ven los tubos de bardón de madera, que antes estaban ocultos. El teclado del órgano de Tlalixtac podría ser el primero hecho en Oaxaca en alcanzar una extensión de 56 notas, que después se convirtió en estándar. Una cruz rectangular repujada en un tubo bardón de metal indica una posible intervención de Puebla, tal vez por parte del tubero; por lo demás, no hay evidencia de influencia poblana. La fachada de la caja inferior está bellamente adornada con sinuosas tallas sincronizadas con el perfil lateral curvo. Los tubos interiores estaban dispuestos en cinco pirámides y las trompetas horizontales de 8´se extendían por la fachada en cinco grupos puntiagudos. El tablero de reducción aún se encuentra en buenas condiciones en comparación con el resto del órgano, ya que está orientado hacia el interior. 

Una vez que el órgano comenzó a deteriorarse y la comunidad ya no estaba obligada a pagar por su mantenimiento y menor uso después del Concilio Vaticano II en la década de 1960, comenzó el proceso de desmembramiento. Sobreviven muchos tubos altos de la fachada y de la trompeta real interior, pero debido a su alto contenido de plomo, son maleables y demasiado frágiles para enderezarlos. Incluso si lo hicieran, las estructuras para soportarlos ya no existen en las torres vacías. En 1674, el fraile dominico Francisco de Burgoa se refirió a un órgano y elogió la excelente actividad musical en Tlalixtac. Esto confirma que el órgano actual tuvo al menos un predecesor barroco.