El órgano monumental de San Juan Bautista Coixtlahuaca es el penúltimo instrumento fabricado por un constructor oaxaqueño. Es singular en su construcción y apariencia general y es un ejemplo de los órganos menos tradicionales y más imaginativos de la escuela oaxaqueña. Contrasta con el de Santa Cruz Amilpas, construido apenas ocho años después en 1884 y tradicional en todos aspectos, así como con los órganos relativamente homogéneos del taller Castro en Puebla, que prevalecían en las zonas fronterizas del norte durante el mismo período. El órgano de Coixtlahuaca muestra la influencia de la organería poblana en ciertos detalles de la construcción y, de hecho, el proyecto fue financiado por donaciones recolectadas por los frailes dominicos de Puebla. Sin embargo, José Cano o quien diseñó la caja enfatizó características oaxaqueñas como las elegantes caderas y la fina pintura de la caja (imitando la madera con estrías, nudos y remolinos). Cano optó por hacer fuelles de cuña en lugar de fuelles de reserva y modificó la construcción del secreto para asegurar un gran sonido para la trompeta real. Un inventario de 1803 cita un órgano anterior de dimensiones medianas.