El órgano de San Mateo Yucucuí es el menos alterado y más completo de los instrumentos fijos de 8´ que se conservan en Oaxaca. Cerca del 80% de sus tubos sobreviven; la mayoría está amontonados dentro de la caja después de que sus delgados panderetes (soportes) se deshicieron. Desafortunadamente, debido a la precaria posición del órgano en una tribuna alta y estrecha y al deterioro de las vigas de soporte que la sostiene, no ha sido posible conservar adecuadamente el órgano ni colocar las tallas sueltas almacenadas en la caja. Por otro lado, debido a su inaccesibilidad, el interior del órgano está en excelentes condiciones. El teclado está completo, restaurado o reconstruido al estilo del siglo XVIII en el siglo XIX. La fecha de construcción, 1743, está inscrita en el tubo central de la fachada. Cruces de Malta están pintadas en el primer árbol giratorio y la primera ventilla del secreto. En la fachada resaltan dos medallones barrocos, uno redondo y otro ovalado, y tallados calados excepcionales. El adorno del remate falta y puede o no existir. Las dos pequeñas torres laterales son decorativas con tubos canónigos. Probablemente, este órgano se pensó para ser pintado y dorado en algún momento para complementar los retablos barrocos de la iglesia. Sin embargo, el proyecto nunca se realizó, sin duda por falta de fondos. 

Debido a su ubicación en un promontorio con vista hacía el Valle de Nochixtlán, el sonido del órgano aparentemente se escuchaba a kilómetros de distancia. Las inscripciones dentro de la caja indican que se reparaba y se tocaba con regularidad. En 1876, una anotación detrás del tablero de reducción indica que Don Pantaleón Cano, miembro de la familia de organeros Cano, afinó el órgano; también pudo haber hecho las nuevas etiquetas. En 1926, un documento detallado pegado dentro de la caja indica que el organero Juan E. Silva de Guerrero afinó y reparó los tubos. También intervino en el órgano de Tiltepec, probablemente en la misma época.