El órgano de 4´ de San Miguel del Valle es el último órgano de mesa en Oaxaca y el único correspondiente al periodo neoclásico. Su caja está decorada con columnas estriadas y lambrequines tallados, que se destacan por tonos azules pintados después de la construcción original. Esto contrasta con la caja de su homólogo anterior en Huayapam, que aún exhibía simbología religiosa barroca en el remate. El órgano de San Miguel tiene solo cuatro registros, incluyendo un bardón de 8´ que podría haber cabido fácilmente en la caja relativamente alta. Al parecer, el órgano fue desechado en la década de 1990, probablemente durante un proyecto de modernización de la iglesia. Sin embargo, alguien del pueblo lo reconoció como un objeto histórico, lo sacó de la basura y afortunadamente lo devolvió a la iglesia.