El órgano de San Andrés Huayapam es el último órgano de mesa de 4´ con imágenes religiosas; en el remate están tallados el acetre e hisopo para dispersar el agua bendita. Fue un instrumento austero hasta el siglo XX, cuando se pintó de un alegre rojo (aún se ven vestigios), y los tubos de la fachada y las tallas religiosas fueron pintados de plata. La caja fue barnizada posteriormente y se oscureció con el tiempo. El órgano estaba ubicado originalmente en el coro alto, pero luego fue trasladado a una capilla lateral. No tiene registros accesorios y, a diferencia de la mayoría de los órganos de mesa de 4´, está colocado sobre una sola mesa con los fuelles detrás. La primera octava del registro principal fue diseñada específicamente para caber dentro de una caja relativamente pequeña.  Los cuatro tubos más altos estaban hechos de madera y tapados, mientras que los siguientes cuatro tubos estaban hechos de metal, abiertos, y doblados en ángulo en la parte superior. Por lo tanto, los tubos de la fachada, incluyendo algunos canónigos, correspondían a la segunda octava del registro flautado y eran más cortos. Los organeros intentaron arreglar los tubos y los componentes de la mecánica de la manera más eficiente posible dentro de la caja para evitar el mayor costo de una caja más grande. La disposición de este órgano revela una solución particularmente creativa.