La insólita construcción del órgano neoclásico de Santiago Matatlán fue confusa. El secreto está ubicado debajo del teclado como en un órgano de mesa, pero la caja, la mecánica del teclado y de los registros son característica de un instrumento fijo. Un tablón acanalado alto, no rectangular sino en forma de tablero de reducción, conectaba los dos sistemas. Nuestra confusión se resolvió con el descubrimiento de una cruz de Malta del siglo XVIII pintada en la primera ventilla del secreto, lo que indica que había sido reutilizado de un órgano de mesa anterior de 4´, probablemente de la misma iglesia. El secreto se había ampliado para acomodar otro registro en la parte posterior, lógicamente con la instalación de un registro de 8´ para profundizar el sonido del órgano. Sin embargo, como el espacio no era lo suficientemente amplio para un bardón, la opción más común para bajar la base tonal, se instaló una hilera de tubos de lengüeta altos y delgados de 8´; uno de ellos existe todavía. Se construyó un nueva y hermosa caja para acomodar los componentes más pesados ​​que incluye dos torres laterales con tubos canónigos para equilibrar las secciones superior e inferior. La posición inusual de los tiradores en la unión de ambas se debe a la reconstrucción del interior del órgano. La decoración de la caja combina cornisas barrocas con columnas estriadas y lambrequines tallados neoclásicos en la fachada, lo que sitúa al órgano renovado en la transición entre las dos épocas, alrededor de 1800.