Originalmente un gran órgano con una disposición tradicional, el órgano de Santa María Zaachila fue extensamente modificado entre 1910 y 1925 para producir un sonido más romántico. Se eliminaron los registros del clarín y de la trompeta real; la hilera de anillos de madera marca el lugar anterior del clarín. Se instaló una pedalera que requirió una extensión en la parte posterior del órgano para la hilera de tubos de madera tapados de 16' y un secreto adicional para alimentarlos. Los tubos fueron recortados para subir la afinación a 440 Hz.  Los pomos de porcelana de los tiradores son inusuales y, de hecho, algunos de ellos están demasiado cerca de los de lado para jalar al mismo tiempo.