El órgano de Santa María Pápalo se deshizo después del terremoto de 1973, aunque ya no funcionó. La caja se dañó y ya no existe, pero los tubos se salvaron y están casi completos. El secreto fue recuperado de una pila de desperdicios junto a la iglesia. La construcción es inusual y revela características de la construcción de órganos poblanos, incluyendo varillas rectangulares y una cruz rectangular perforada en un tubo del bardón y pintada en la primera ventilla. 

La construcción de los registros partidos es única. Las cuatro correderas existentes del secreto son largas, delgadas y continuas, o sea, no cortadas a la mitad. Se extienden a lo ancho de la caja. Los tubos estaban dispuestos en una sola hilera en forma de pirámide, es decir, diatónicamente, con el tubo más grande en medio. Las correderas estaban emparejadas con la primera correspondiente al registro de la mano izquierda con perforaciones para 21 tubos bajos, seguido por la corredera correspondiente al registro de la mano derecha con perforaciones para 24 tubos tiples. Esto significaba que cada hilera de tubos estaba partida por dos correderas independientes en secuencia, en lugar de una corredera cortada a la mitad. En Pápalo, la corredera correspondiente a los tubos de la mano derecha se controlaba por el cabo sobresaliente del costado izquierdo de la caja; alternativamente, los tubos de la mano izquierda se controlaban desde el costado derecho (quedan tres cabos). Esta disposición no afectaba el sonido del órgano ya que cada registro podía activarse por separado o en conjunto. Los dos últimos registros parecen haber sido unidos, creando una mixtura de la docena y la quincena. 

Esta pequeña y remota comunidad de habla cuicateca parece haber tenido una rica vida musical desde mediados del siglo XIX. En el coro se descubrió el armazón de un clavicordio de mesa, uno de los siete que hay en México; cajas llenas de manuscritos musicales para banda y voz; y una colección de instrumentos de banda importados de Francia a partir de la década de 1860, que incluía varios bajones que tal vez se utilizaban para reforzar la línea baja del órgano.