El órgano de mesa de Santa María de la Asunción Tlacolula es el más pequeño de Oaxaca, con sólo dos registros. También es uno de los más antiguos, como lo indica el estilo de la decoración pintada del siglo XVIII temprano en la caja y varias cruces de Malta inscritas en los tubos restantes. El órgano fue construido específicamente para el pequeño coro de la capilla barroca dedicada al Santo Cristo de Tlacolula. La pintura de la caja es inusualmente hermosa, con motivos florales y frutales policromados en los costados y volutas estilo acanto en la parte posterior, el remate y el interior de la caja. Desafortunadamente, la pintura del frente y de un interior de las puertas fue removida, exponiendo la madera original. Figuras religiosas deben haber adornado estos espacios, y su eliminación probablemente se habría llevado a cabo durante el Período de Reforma anticlerical que comenzó en la década de 1850 (como en Cholula, raspada, y Quiatoni, pintada encima). La mesa original del órgano habría sostenido dos pequeños fuelles detrás. Su mesa actual, al parecer del siglo XX, fue reconstruida únicamente para el órgano. Debajo se colocó un fuelle restaurado y accionado por un pedal. A pesar de la lamentable pérdida de parte de la decoración original, el uso continuo del órgano durante el siglo XX lo preservó.