Solo quedan los tubos del órgano de Santa María Chachoapam. El sacerdote de Nochixtlán, el padre Ahuizotl Cruz Montes, descubrió un grupo de tubos de órgano maltratados en un cuarto junto a la iglesia. Una vez esparcidos, había más de 200 tubos, casi todos doblados y aplastados por el alto componente de plomo en la aleación y porque estuvieron amontonados y trasladados durante décadas. Curiosamente, estaban conservados, cuando a menudo los tubos son los primeros en desaparecer en manos de los herreros locales después de que el órgano ya no funciona. El grupo incluía al menos 63 tubos (trompeta real y clarín) y muchos tubos de flautado de tamaño grande y mediano. La única evidencia de los muchos tubos de madera es el pie de un tubo grande. La gente del pueblo recuerda el aspecto del órgano en el coro, con algunos tubos de madera visibles, pero no su sonido porque el órgano ya no funcionaba. La iglesia resultó gravemente dañada durante el terremoto de 1957, y el órgano fue bajado del coro mientras se realizaba una reparación del techo. Al igual que muchos otros órganos de Oaxaca, se deshizo al ser levantado. La caja y las piezas de madera podrían haber sido dañadas por la carcoma, por lo que el órgano se desmoronó y las piezas no se conservaron. Pronto fue desmantelado, y los tubos fueron almacenados. El tubo principal más grande tiene inciso “Sol”, lo que indica que la octava cromática inferior pudo haber sido construida con siete tubos de madera, al igual que el bardón de 8´. El órgano tenía al menos seis registros, lo que implica más de 300 tubos. Desafortunadamente, este gran órgano parece haber durado solo por unos 80 años y funcionó tal vez por solo 50. El frente de la iglesia fue reconstruido en estilo moderno en 1963.