La mecánica de registros del órgano de San Pedro Tidaá es única en Oaxaca. La hilera de pomos de registros casi a la altura del teclado y sus árboles giratorios están construidos horizontalmente en lugar de verticalmente. Se instaló un fuelle de cuña/depósito modificado (no original) dentro de la caja que se habría operado mediante una palanca desde el costado izquierdo abierto. Este parece haber sido el diseño original, ya que la mecánica del registro y del fuelle interior eran interdependientes. Los tiradores horizontales dejaban espacio dentro de la caja para el fuelle. Esto no habría sido posible con los árboles (molinetes) verticales normales.

Sin embargo, la decoración neoclásica de la caja es estándar para su época e incluye dentículos debajo de las cornisas, motivos decorativos de hojas dentadas en la caja superior y lambrequines tallados (que se asemejan a un guante al reves) en la caja inferior. Soleras de hierro empotrados al muro apoyan el órgano dese atrás en posición vertical. Sin embargo, todavía se inclina hacia adelante, tal vez porque falta el peso de los paneles laterales y las caderas. En 2022 el IOHIO enderezó, limpió y colocó los cinco tubos de metal más grandes en la torre central enfrente de los cinco tubos de madera.