El perfil de la caja y las tallas decorativas restantes indican que el órgano de San Juan Teitipac podría datar de principios del siglo XVIII. La caja vacía fue convertida en confesionario y pintada de azul y dorado por orden del sacerdote en la década de 1950, eliminando así la historia del órgano ya que no existen otros componentes del órgano. Se modificaron los costados con ventanas y escalones para arrodillarse y se cortó una puerta en el centro para que el sacerdote pudiera entrar y sentarse en el interior. Probablemente el órgano ya no funcionaba en el momento de su adaptación.