El órgano de Concepción Buenavista es bastante curioso. Es un órgano de mesa grande con paneles de madera que tapan el espacio debajo de la mesa, dando la impresión de un órgano fijo. El diseño de la caja es neogótico y se ve diferente a cualquier otro órgano en Oaxaca. Los fuelles se abren hacia el órgano y no hacia el fuellero (entonador). Tiene un tablero de reducción como un órgano fijo y jaladeras laterales que sobresalen del secreto como un órgano de mesa. Pero como el secreto está ubicado encima y no debajo del teclado, las jaladeras quedan a la altura de una persona parada. Es el primer órgano en Oaxaca con un teclado cromático, es decir, sin octava corta y con conductos de metal para alimentar los tubos de la fachada. Después del terremoto de 1999, el órgano fue bajado del coro mientras que se hacían reparaciones del techo; al volver a subirlo, se deshizo. Cuando lo encontramos por primera vez, la caja superior estuvo en el piso y la mesa en pedazos. En 2005 el IOHIO volvió a ensamblar el órgano.