El órgano de San Pedro Chicahua es una anomalía. Tiene las dimensiones de un instrumento de 4´ y sólo cuatro registros originales, pero es un instrumento de 8´ con un registro de trompetas horizontales de mano derecha agregadas después de la construcción original para enriquecer el sonido.  El órgano era demasiado alto para el coro, donde todavía se encuentran los fuelles, y está situado en una pequeña tribuna lateral, proporcional al tamaño de la iglesia, que definió las dimensiones del órgano. Los paneles rústicos decorativos sobre las torres ayudaron a ocultar los tubos más altos que sobresalían del techo de la caja. Los costados rectos, los conductos de metal y la relativa austeridad de la caja son característicos de la organería poblana. La caja fue barnizada en el siglo XX, lo que oscureció el color y realzó los patrones estriados de la pintura. Un piano de mesa cuadrado con tapa de madera se encuentra en el piso frente al órgano; parece haber sido construido en Puebla o en otro lugar.